本站於71年6月東線鐵路拓寬完成，成立卑南站，取代舊日的檳榔站進行客貨運輸業務。民國80年南迴鐵路完成通車後，更名為台東新站，負起環島鐵路運輸的重任，為東部與西部交通開啟另一新頁，提供便捷與價廉的運輸系統。民國90年6月，原台東站撤站以後，本站於90年12月1日正式更名為台東站。